小型基因测序仪Ion PGM型介绍

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仪器简介:

Ion PGM™ 测序仪拥有目前最快的新一代测序流程,从构建文库到数据分析,不到8小时。就测序运行本身来说,对于100 bp读取,全新的Ion 316™芯片需要2小时运行时间,与Ion 314™芯片相同。在测序短读取时,运行时间缩短至1小时内。单日流程加快了研究周期和文章发表,可实现更多的研究和市场应用。

 

仪器用途:

全基因组测序;体细胞突变测序;用于体细胞和生殖细胞系测序的定制基因集合;De Novo测序;小RNA和基因表达研究;ChIP测序;农业应用测序。

 

仪器特点 :

1.  New Personal Genome Machine (PGM™) System带来了所有新一代测序仪中最快的运行时间,实现了单日流程;

2. 支持三种不同价格和通量的半导体芯片,可应对各种灵活的、扩展的项目产生准确的长读取,适合广泛的DNA和RNA测序应用。

仪器信息:

仪器型号:Ion PGM

生产产家:lifetechnologies

仪器价格:46.13万元

购置日期:2013.10

 

小型基因测序仪Ion PGM型 操作规程

 

一、检查气源

1.测序前确保Server处于打开状态、检查高纯氮气瓶气压(如低于500psi 需及时更换气瓶)、确保网页浏览器能登录上server。

2.打开氮气瓶,将输出气压调至30psi;打开Ion Proton电源。

 

二、Ion Proton 仪器清洗: 

1.氯片清洗:配制氯液,点击Clean,  按提示选择氯洗,将两个氯洗管(各100ml)装在C1和C2位置,进行氯洗, 结束后按next 回到主界面。

2.按氯洗的方法进行18MΩ去离子水清洗。

 

三、Ion Proton 初始化: 

1.用18MΩ水润洗W2试剂瓶和W1、W3试剂管,分别配制好W1、W2和W3试剂;

2.点击Initialize, 按照屏幕提示选择试剂盒类型,更换新的sippers,将W1、W2和W3试剂装在W1、W2和W3 位置,进行第一阶段初始化;

3.准备dGTP, dCTP, dATP和dTTP, 待第一阶段初始化结束,更换新的sippers,将装有dNTP的试剂管装在对应的位置,拧紧,进行最后初始化,结束后点Next,回主页面。

 

四、设置测序plan:

1.在网页浏览器地址栏输入server IP, 进入Torrent browser

2.点击plan 进行设置:填写run name,选择正确的library kit, Templating kit, sequencing kit, Flows, Chip types, barcode及对应样本名称等。

 

五、Loading 芯片和上机测序:

1.点击PGM主界面RUN,按屏幕提示对新的芯片进行Chip check, 结束后显示passed,将芯片取出进行loading;

2.Loading 芯片: ISP经引物和测序酶预结合后,使用芯片离心机进行芯片loading;

3.将loading好的芯片放在PGM基座上,选择设置好的plan后进行测序。测序时间2-8hr,根据不同芯片类型及Flow数的不同。

 

六、测序结束:

1.可登录torrent browser ,查看测序报告或下载数据文件;

2.对PGM进行18MΩ去离子水清洗和关机:关机步骤(tools-shutdown),注意关机前,确保数据已传输完成(即测序报告已出)。

3.关闭氮气瓶。

 

注意事项:

未经培训一律不得上机操作,如需使用请联系平台工作人员。